Tỉnh ta hiện có hơn 133.400 con trâu, 342.740 con bò (26.171 con bò sữa), gần 660.000 con lợn, 196.400 con dê và hơn 6,8 triệu con gia cầm; có 297 trang trại, trong đó có 281 trang trại chăn nuôi bò sữa thuộc Công ty cổ phần giống bò sữa Mộc Châu, 2 trại gà, 14 trại lợn. Chăn nuôi là một trong những ngành sản xuất chính trong lĩnh vực nông nghiệp ở tỉnh ta, mang lại giá trị kinh tế cao cho nông dân. Tuy nhiên, các hoạt động chăn nuôi phát sinh lượng chất thải lớn, gây tác động không nhỏ đến môi trường xung quanh, có khả năng phát sinh dịch bệnh và ảnh hưởng sức khỏe người dân.

Trại bò của Công ty CP Giống bò sữa Mộc Châu được đầu tư hệ thống xử lý chất thải chăn nuôi.

Hiện, toàn tỉnh mới chỉ có khoảng 20% số hộ và cơ sở chăn nuôi thuộc quản lý cấp tỉnh và cấp huyện có sử dụng các biện pháp xử lý chất thải, như: Đệm lót sinh học, bể biogas; phơi, ủ hoai mục làm phân bón... Trung tâm giống bò sữa Mộc Châu và Trại lợn xã Đông Sang (Mộc Châu) và một số ít đơn vị đã hoàn thành công trình bảo vệ môi trường. Tuy nhiên, vẫn còn khoảng 80% số hộ gia đình chăn nuôi tự phát nhỏ lẻ hầu như chưa có hệ thống xử lý chất thải đảm bảo vệ sinh; vẫn còn hộ chăn nuôi thải trực tiếp chất thải động vật ra các ao hồ, kênh mương hoặc đường thoát nước, làm ô nhiễm nước mặt, nước ngầm, không khí, đất và các sản phẩm nông nghiệp khác. Khi mức độ ô nhiễm cao sẽ gây ra nhiều căn bệnh về hô hấp, tiêu hóa, bệnh ngoài da và xáo trộn các hoạt động sản xuất, sinh hoạt của người dân, ảnh hưởng đến tình làng nghĩa xóm. Mặt khác, trên địa bàn tỉnh hiện chưa có cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm tập trung; việc giết mổ gia súc, gia cầm chủ yếu ở các cơ sở nhỏ lẻ, do đó khó khăn trong việc quản lý, xử lý chất thải phát sinh tại cơ sở trước khi xả thải ra môi trường; các chất thải chăn nuôi, nhất là ở các vùng có dịch bệnh, các khu giết mổ còn chứa nhiều loại vi sinh vật gây bệnh cho gia súc, gia cầm, như: Bệnh dịch tả lợn châu Phi ở lợn; bệnh lở mồm long móng ở trâu, bò...

Để phát triển sản xuất chăn nuôi đạt hiệu quả kinh tế cao, đảm bảo về vệ sinh môi trường, ngăn ngừa những tác động tiêu cực đến sức khỏe người dân, các hộ chăn nuôi cần lựa chọn vị trí xây dựng chuồng trại chăn nuôi đảm bảo mỹ quan hài hòa với các công trình khác, cách càng xa khu sinh hoạt với gia đình càng tốt, thuận lợi cho việc thu gom xử lý chất thải. Nên xây chuồng trại xa đường giao thông chính, tránh được tiếng ồn và những hoạt động qua lại của con người nhằm ngăn chặn lây lan dịch bệnh và dễ cách ly khi dịch bệnh xảy ra. Đối với chăn nuôi quy mô lớn và theo phương thức công nghiệp, yêu cầu phải xây bể khí sinh học để tận dụng chất thải chăn nuôi sản xuất khí gas phục vụ đun nấu và không gây ô nhiễm môi trường, tuyệt đối không xả chất thải chăn nuôi chưa được xử lý ra môi trường. Đối với chăn nuôi quy mô nông hộ nhỏ lẻ thì phải xây dựng bể chứa chất thải lỏng và ủ phân có nắp đậy; hàng ngày tiến hành thu gom phân, rác trước khi xịt nước rửa chuồng để đưa vào hố ủ hoai mục làm phân bón. Bà con có thể dùng vôi bột, phân lân, lá phân xanh hoặc trấu ủ cùng với phân. Phân ủ hoai mục rất tốt, vừa không có mùi, hàm lượng hữu cơ và đạm cao lại vừa không tồn tại mầm bệnh. Ngoài ra, để hạn chế mùi hôi ở chuồng trại, bà con nông dân có thể mua các chế phẩm vi sinh pha nước phun để giảm mùi hôi. Ngoài việc hàng ngày tiến hành dọn vệ sinh, bà con cần định kỳ thực hiện tổng vệ sinh chuồng trại và khu vực chăn nuôi, thu gom rác về nơi quy định để đốt và phun khử trùng khu vực chăn nuôi bằng thuốc sát trùng tiêu diệt mầm bệnh cư trú hoặc tiềm ẩn trong môi trường. Đặc biệt, tỉnh ta cần có giải pháp khuyến khích thu hút doanh nghiệp, cá nhân đầu tư cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm tập trung tại các huyện, thành phố để đảm bảo vệ sinh môi trường và ngăn ngừa dịch bệnh phát sinh ở vật nuôi trên địa bàn.